El Fondo Tecnológico es una partida especial de fondos FEDER de la Unión Europea dedicada a la promoción de la I+D+i empresarial en España. El CDTI ha sido designado para gestionar buena parte del mismo, dada su trayectoria en el apoyo a proyectos de I+D+i empresarial y su experiencia previa en la gestión de fondos FEDER. Para su ejecución el CDTI ha diseñado distintos instrumentos en los que existe cofinanciación FEDER/CDTI, de acuerdo con las exigencias comunitarias.

El Fondo Tecnológico va dirigido a todas las regiones españolas, pero en su distribución se ha dado prioridad a las antiguas regiones del Objetivo 1, que en conjunto son destinatarias del 90% de su presupuesto:

• Andalucía, Extremadura, Castilla-La Mancha y Galicia: regiones de "Convergencia", destinatarias del 70% del Fondo Tecnológico
• Comunidad Valenciana, Castilla y León y Canarias: regiones "Phasing in", destinatarias del 15%
• Murcia, Asturias, Ceuta y Melilla: regiones "Phasing out", destinatarias del 5%.

Las restantes regiones españolas (regiones de "Competitividad") son destinatarias del 10% restante.    

En la parte gestionada por el CDTI, el Fondo Tecnológico está orientado al apoyo de proyectos realizados por agrupaciones de empresas. Para su ejecución el CDTI ha diseñado dos nuevas modalidades de proyectos: los proyectos Integradosy los proyectos de cooperación tecnológica entre pymes, proyectos con una duración de entre 2 y 4 años, cuyos formularios son accesibles a través del Sistema de Gestión de Solicitud de Ayudas CDTI.